1. 石家庄中山湖日本沼虾、黄颡鱼国家级水产种质资源保护区
石家庄中山湖日本沼虾、黄颡鱼国家级水产种质资源保护区总面积5500公顷，其中核心区面积1693公顷，实验区面积 3807公顷。特别保护期为每年的4月1日至9 月15日。保护区位于河北省石家庄市平山、灵寿、鹿泉三县区交界处海河流域子牙河系滹沱河中游的中山湖。保护区除核心区以外的其他区域为实验区。保护区主要保护物种为日本沼虾和黄颡鱼，其他保护物种包括鲤、鲫、 鲦、乌鳢、翘嘴红鲌、中华鳖、大银鱼、鲶、泥鳅、田螺等。
2 . 吉林锦江特有鱼类国家级水产种质资源保护区
吉林锦江特有鱼类国家级水产种质资源保护区总面积90.9公顷，其中核心区面积64.2公顷，实验区面积26.7公顷。特别保护期为每年的4月1日至7月31日。保护区位于吉林省白山市抚松县锦江水域。保护区主要保护物种为黑龙江茴鱼和细鳞鲑，其他保护物种包括哲罗鲑、真鱥、北方条鳅、杜父鱼、花羔红点鲑、江鳕、蛇鮈、花鳅、泥鳅等。
3 . 高邮湖青虾国家级水产种质资源保护区
高邮湖青虾国家级水产种质资源保护区总面积3043公顷，其中核心区面积818 公顷，实验区面积2225公顷。保护区核心区的特别保护期为全年，实验区特别保护期为1月1日至5月31日。保护区位于江苏省高邮湖淮安市金湖县黄浦尖至董寺尖一线外水域。保护区主要保护物种是青虾，其他保护物种包括鲫、河蚬、中华鳖、中华绒螯蟹等。
4 . 洪泽湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区
洪泽湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区总面积2130公顷，其中核心区面积 780公顷，实验区面积1350公顷。特别保护期为每年1月1日至12月31日。保护区位于江苏省宿迁市泗阳县、泗洪县洪泽湖水域。保护区主要保护物种为黄颡鱼，其他保护物种为青虾。
5 . 顺昌县麻溪半刺厚唇鱼国家级水产种质资源保护区
顺昌县麻溪半刺厚唇鱼国家级水产种质资源保护区总面积85.9公顷，其中核心区面积38.1公顷，实验区面积47.8公顷。保护区特别保护期为每年的4月11日至6月 30日。保护区位于福建省南平市顺昌县闽江水系上游的麻溪支流。保护区由两个实验区一个核心区三部分组成，全长约25千米。保护区主要保护物种为半刺厚唇鱼，其他保护物种包括细鳞斜颌鲴、黑脊倒刺鲃、赤眼鳟、黄颡鱼等。
6 . 光明湖红嘴鮊国家级水产种质资源保护区
光明湖红嘴鮊国家级水产种质资源保护区总面积212.5公顷，其中核心区面积 38.5公顷，实验区面积174公顷。保护区特别保护期为每年的12月1日至翌年2月28日。保护区位于山东省泰安市新泰市光明湖水域。保护区主要保护物种为翘嘴红鲌，其他保护物种包括鲤、草鱼、鲫、泥鳅、青虾、大银鱼等。
7 . 青云湖寡齿新银鱼国家级水产种质资源保护区
青云湖寡齿新银鱼国家级水产种质资源保护区总面积333公顷，其中核心区面积65公顷，实验区面积268公顷。核心区特别保护期为每年的3月1日至5月31日。保护区位于山东省新泰市青云湖水域。保护区主要保护物种是寡齿新银鱼，其他保护物种为鲤、鲫、红鳍鮊、大银鱼、青虾等。
8. 沂南汶河马口鱼国家级水产种质资源保护区
沂南汶河马口鱼国家级水产种质资源保护区总面积421公顷，其中核心区面积 148公顷，实验区面积273公顷。核心区特别保护期为每年的6月1日至8月31日。保护区位于山东省临沂市沂南县汶河水域。保护区主要保护物种为马口鱼，其他保护物种包括鲤、青虾、鳑鲏、花鳅、鲫等。
9 . 龙江河光倒刺鲃国家级水产种质资源保护区
龙江河光倒刺鲃国家级水产种质资源保护区总面积254.3公顷，其中核心区面积130.1公顷，实验区面积124.2公顷。保护区特别保护期为每年2月1日至6月30日。保护区位于贵州省黔东南苗族侗族自治州岑巩县龙田镇和平庄镇境内龙江河干流和支流路溪河河段。保护区主要保护物种为光倒刺鲃，其他保护物种包括黄颡鱼、白甲鱼、鲤、鲫、光唇鱼、唇䱻、鳜等。
10. 龙江河裂腹鱼国家级水产种质资源保护区
龙江河裂腹鱼国家级水产种质资源保护区总面积189公顷，其中核心区面积55 公顷，实验区面积134公顷。保护区特别保护期为每年的2月1日至7月31日。保护区位于贵州省黔东南苗族侗族自治州镇远县都坪镇和羊场镇境内的龙江河干流及支流河段。保护区主要保护物种为齐口裂腹鱼和黄颡鱼，其他保护物种包括白甲鱼、鲤、鲫、光唇鱼、唇䱻、鳜等。
11. 舞阳河黄平段瓦氏黄颡鱼国家级水产种质资源保护区舞阳河黄平段瓦氏黄颡鱼国家级水产种质资源保护区总面积160公顷，其中核心区面积89公顷，实验区面积71公顷。保护区特别保护期为每年的3月1日至7月31日。保护区位于贵州省黔东南苗族侗族自治州黄平县新州镇良田村至旧州镇之间的舞阳河水域。保护区主要保护物种为瓦氏黄颡鱼，其他保护物种包括大口鲇、斑鳜、泥鳅、马口鱼和宽鳍鱲等。
12. 甘肃华亭县秦岭细鳞鲑国家级水产种质资源保护区
甘肃华亭县秦岭细鳞鲑国家级水产种质资源保护区总面积296公顷，其中核心区面积197公顷，实验区面积99公顷。保护区特别保护期为每年的2月1日至6月30日。保护区位于甘肃省平凉市华亭县东南部秦岭山区。保护区主要保护物种为秦岭细鳞鲑。
注：各保护区具体地理坐标范围参见农业农村部办公厅“农办渔【2018】74号” 文件。农业农村部办公厅在该文件中强调：公布后保护区的性质、范围和功能分区不得随意调整或改变，确需调整或改变的，应按程序报我部批准。各省、自治区渔业主管部门要按照《水产种质资源保护区管理暂行办法》(农业部令2011年第1号)(以下简称《办法》)的有关要求，加强对国家级水产种质资源保护区工作的组织领导和协调管理，明确管理机构，积极争取支持，配备必要的管理、执法和技术人员以及相应的设备设施。国家级水产种质资源保护区管理机构要严格按照《办法》第十五条规定的主要职责开展工作，切实强化管护措施，加大水产种质资源保护力度，积极采取有效措施发挥保护区作用。
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